България е играла общо 3 мача с Естония в годините си, но за официалната статистика са само два. 

Причината е, че през 2011-та година националите играят контрола с Естония в Анталия, която завършва 2:2. 

В нея обаче има цели 4 дузпи, които са реализирани, а за България на два пъти вкарва Ивелин Попов. 

Впоследствие мачът е разследван за черно тото, съдиите са изгонени доживот, а двубоят е изваден от официалната статистика и е обявен за невалиден.

Иначе националите имат и много добри спомени от мачове с Естония. В София побеждават с 2:0 в европейска квалификация през 2003-та година с голове на Бербатов и Мартин Петров, а мачът в Талин завършва 0:0. България печели групата си с Хърватия, Белгия и Андора и се класира за Евро 2004, а това е и последния път, в който страната ни се класира за голям футболен форум.