При изпълнението на Националната ваксинационна кампания срещу COVID-19 в България се прилагат единствено ваксини, чийто срок на годност е в съответствие с разрешението им за употреба. На 10 септември 2021 г., след извършена оценка от Европейската агенция по лекарствата, в Европейския съюз (ЕС) беше одобрен нов срок на годност за COMIRNATY, при условия на съхранение при свръхниска температура. Продуктовата информация е актуализирана с новия срок на годност за замразен флакон, като той е удължен от 6 месеца на 9 месеца. Условията на съхранение остават непроменени (‑90°C до ‑60°C). Опаковките с отпечатан срок на годност върху етикета от юни 2021 г. до март 2022 г. могат да продължат да се използват до 3 месеца след отпечатания срок на годност, ако са били спазени одобрените условия на съхранение при ‑90°C до ‑60°C. 

На всички флакони със срок на годност след март 2022 г. вече ще бъде отразен новият 9‑месечен срок на годност. За всички  ваксини, на които срокът на годност е изтекъл към момента, е извършено бракуване и предстои унищожаване в съответствие с Наредба от 16 май 2018 година.